"Add After Boil - Check this box for fermentable adjuncts such as Honey and Fruits that are generally added to the fermenter and not included in the boil. BeerSmith will adjust the boil gravity (used in hop calculations) to exclude items that have this box checked."
Basicamente é pra coisas que você geralmente adiciona no fermentador e que são fermentáveis, tipo fruta ou mel. Isso é usado pra não afetar o cálculo de IBUs, que é dependente da gravidade no boil(mel no fermentador aumenta a gravidade da receita, mas não a do boil, por exemplo).