De maneira alguma, pode usar sim e usa um pouco de crystal para ajustar a cor/corpo se achar necessário.
Na minha opinião essa foi a principal razão pela qual a Agrária lançou o Concurso de IPAs ano passado em que os participantes deveriam utilizar como base apenas o Pilsen Agrária, para encorajar as pessoas a utilizarem mais esse malte como base e não o Pale Ale.
IPA é um dos estilos mais brassados pelos cervejeiros caseiros no Brasil, e a grande maioria opta pelo Pale Ale e não pelo Pilsen, mas nada ite impede de usar o Pilsen.